La misión institucional se desarrolla a través de los 3 programas institucionales: I. Institucionalidad política democrática  II. Inclusión Social y III. Convivencia pacífica.

Este eje programático comprende análisis, acciones y reflexiones relacionados con el fortalecimiento democrático de la institucionalidad política colombiana, tanto a nivel nacional como territorial. Promueve las reformas políticas y electorales (modernización y democratización del Estado y de los partidos), la planeación y las políticas públicas, el fortalecimiento institucional, la transparencia en la gestión pública, la apertura de espacios de participación ciudadana y la coordinación interinstitucional horizontal y vertical para el diseño y ejecución de las políticas públicas.

Este eje programático comprende análisis, acciones y reflexiones relacionados con el fortalecimiento democrático de la institucionalidad política colombiana, tanto a nivel nacional como territorial. Promueve las reformas políticas y electorales (modernización y democratización del Estado y de los partidos), la planeación y las políticas públicas, el fortalecimiento institucional, la transparencia en la gestión pública, la apertura de espacios de participación ciudadana y la coordinación interinstitucional horizontal y vertical para el diseño y ejecución de las políticas públicas.

Este eje programático comprende análisis, acciones y reflexiones relacionados con la promoción de una cultura de convivencia pacífica entre los colombianos en sus diferentes ámbitos de vida y en las políticas públicas nacionales y territoriales orientadas en esa dirección, teniendo en cuenta la diversidad social y cultural del país. Trabaja con una amplia gama de actores para que desarrollen una cultura y unas prácticas efectivas de convivencia, para que incidan en los diseños de política pública relacionados con su afianzamiento en el seno de la sociedad y del Estado.